Die Zielsetzung des Projekts besteht darin, einen möglichst genauen Überblick hinsichtlich der Ökosysteme in der Deutschen Nord- und Ostsee vor Beginn der intensiven Nutzung durch den Menschen zu erhalten, um wissenschaftliche Entscheidungsgrundlagen zu erarbeiten, die es dem Bundesamt für Naturschutz und den Behörden der Nord- und Ostsee ermöglichen, den politischen Handlungsbedarf zur Etablierung spezifischer mariner Schutzgebiete und Wiederansiedlungsprojekte in der deutschen Nord- und Ostsee zu identifizieren und geeignete Maßnahmen einzuleiten. 

Im Rahmen des Projektes „Die deutsche Nord- und Ostsee vor über 100 Jahren“ wird eine "historical baseline" als Orientierung zur Festlegung erforderlicher Naturschutzmaßnahmen und - gebiete entwickelt. Da verschiedene marine Organismen am Erhalt stabiler Ökosysteme beteiligt sind, werden die relevanten marinen Arten hinsichtlich ihrer Abundanz detaillierter betrachtet. Der Fokus wird bei den Recherchen auf die bereits in Nord- und Ostsee ausgestorbenen und seltenen Schlüsselarten wie z.B. einigen Knorpelfischen (Haie, Rochen) liegen, aber auch anderen gefährdeten Fischarten wie marine Säugetiere, Vögel und benthische Organismen werden berücksichtigt.