Die Verknüpfung von Emissionshandelssystemen erlaubt es, die Kosten für Emissionsminderungen zu senken und zugleich die Teilnehmeranzahl und Liquidität im Emissionshandelsmarkt zu erhöhen. Bisherige Untersuchungen beschränken sich weitgehend auf eine Untersuchung der Kompatibilität von Emissionshandelssystemen, wohingegen der eigentlichen Umsetzung von Marktverknüpfungen nur wenig Aufmerksamkeit gewidmet wird. In einem Fachartikel, der in der Zeitschrift Climate Policy veröffentlicht wurde, erörtern Michael Mehling, Leiter des Washingtoner Büros von Ecologic, sowie Erik Haites, ehemaliger IPCC-Leitautor, mögliche Mechanismen zur Schaffung und Aufrechterhaltung einer derartigen Marktverknüpfung.
Die meisten Emissionshandelssysteme sehen lediglich eine einseitige Anerkennung von sog. "Certified Emission Reductions" (CERs) sowie mitunter weitere Emissionsrechte vor. Dabei sind Beschränkungen hinsichtlich der Art und Anzahl zugelassener Berechtigungen üblich. Einseitige Marktverknüpfungen können durch Erlass eines Katalogs zugelassener Emissionsrechte hergestellt werden, in dem auch Beschränkungen und Anpassungen festgehalten werden können.
Allerdings bietet nur eine bilaterale Verknüpfung von Emissionshandelssystemen die ganzen Vorteile einer Marktverknüpfung. Bislang sind noch keine bilateralen Verknüpfungen geschaffen worden, doch haben zahlreiche Systeme ein Interesse an einer solchen Verknüpfung geäußert. Im Wege eines völkerrechtlichen Vertrags umgesetzt, bietet eine solche Verknüpfung den Marktteilnehmern große Rechtssicherheit. Gleichzeitig setzt deren Errichtung langwierige Annahmeverfahren voraus und ist auch zahlreichen rechtlichen Beschränkungen unterworfen.
Eine reziprok-einseitige Marktverknüpfung kann – gegebenenfalls zeitgleich mit einer politischen Vereinbarung – ohne förmliches Annahmeverfahren und mit größerer Flexibilität umgesetzt werden. Sie bietet dabei ähnliche Vorteile wie eine bilaterale Marktverknüpfung.