Die WRRL verweist an zahlreichen Stellen direkt auf die Naturschutzrichtlinien wie die FFH- oder die Vogelrichtlinie. Der integrative Ansatz der WRRL ist jedoch die intensivste Schnittstelle zwischen Gewässer- und Naturschutzaspekten. Ecologic analysierte die WRRL in bezug auf die Schnittstellen und Notwendigkeiten zu den bestehenden Naturschutzrichtlinien und -aspekten und erarbeitete ein Hintergrundpapier.

Die WRRL schützt nicht nur Gewässer im engeren Sinne sondern auch aquatische Ökosysteme und Gebiete, die mit dem Wasserhaushalt in enger Verbindung stehen. Daraus folgt, dass die traditionellen Methoden der Wasserwirtschaft durch die Methoden und Ansätze, die im Naturschutz verfolgt werden, ergänzt werden müssen. Das von Ecologic erarbeitete Hintergrundpapier [pdf, 79 kB, Englisch] diente den Teilnehmern zur Vorbereitung auf die Konferenz "River Basin Management and Ecological Water Quality", die im Juni 2001 in Roosta, Estland stattfand. Die Ergebnisse der Kurzstudie wurden auf der Konferenz präsentiert, die von Ecologic ebenfalls konzeptionell und in der Durchführung unterstützt wurde.