Anja von Moltke ist seit 2008 Gesellschafterin des Ecologic Instituts in Berlin. Zudem ist sie Advisor des Konrad von Moltke Funds.
Anja von Moltkes Kernexpertise bilden die Themen Umweltpolitik, internationale Verhandlungen und Capacity Building in den Bereichen Klimawandel, Energie, Biodiversität und nachhaltige Fischerei.
Seit 1999 arbeitet Anja von Moltke für das Umweltprogramm der Vereinten Nationen (UNEP) in Genf. In der Economics and Trade Branch beschäftigt sie sich mit den Themen Handel und Umwelt, ökonomische Instrumente und Green Economy (nachhaltige Wirtschaft). Aktuell liegt der Schwerpunkt ihrer Arbeit in der Reform umweltschädlicher Subventionen und dem Einsatz ökonomischer Anreizsstrukturen im Energie- und Fischereisektor. Mit Partnern aus Industrie- und Entwicklungsländern fördert sie Zielsetzungen der Nachhaltigkeit in nationaler Gesetzgebung und in internationalen Verhandlungen, insbesondere der Welthandelsorganisation (WTO).
Vor ihrer Tätigkeit für UNEP, war Anja von Moltke für das deutsche Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz und Reaktorsicherheit (BMU) als Unterhändlerin für das Rahmenübereinkommen der Vereinten Nationen über Klimaänderungen und das Kyoto-Protokoll tätig. Sie spielte eine entscheidende Rolle in den Verhandlungen zum Clean Development Mechanisms (CDM) in Kyoto und in der weiteren Entwicklung des Regelwerks. Sie spezialisierte sich ebenfalls auf die Themen Joint Implementation, Emissionshandel und Technologietransfer. Zuvor war Anja von Moltke für andere Agenturen der Vereinten Nationen tätig, insbesondere die Konvention für Biologische Vielfalt (CBD), das Klima-Sekretariat (UNFCCC - United Nations Framework Convention on Climate Change) und die Konferenz für Handel und Entwicklung (UNCTAD – United Nations Conference On Trade And Development).
Anja von Moltke absolvierte ihr Masterstudium in Umwelt und Entwicklung an der Cambridge University. Zuvor studierte sie Management an der London School of Economics (LSE) in Großbritannien.